茎には下部を除き腺毛が密生し、下部で多数分岐して立ち上がり、線形の葉を対生する。葉の基部は膜で合着して鞘になる。茎頂に１本の長い花茎を伸ばし、大きな苞の楕円形の花序をつける。花は直径約１�pの淡紅色の５弁花。花弁の先はV字状に２裂する。類似のコモチナデシコ（Petrorhagia prolifera ）とは葉鞘の長さと幅の比で判別できるとされている。イヌコモチナデシコは葉鞘の長さが幅の1.5〜2倍になり、 コモチナデシコはほぼ等しい。種子で比べるとイヌコモチナデシコは表面に小突起があり、コモチナデシコは溝を彫ったような細かい網目模様がつく。